1 – فتح‌المبین:

قبل از شروع عملیات، شهید باقری با تجزیه و تحلیل اطلاعات واصله، تمام واحدهای اطلاعاتی را در راستای اهداف این عملیات توجیه و وظایف هر یك را مشخص كرد.

با توجه به وسعت منطقه عملیات، چهار قرارگاه برای كنترل و هدایت عملیات مشخص گردید.

جناح شمالی منطقه، حساسترین محور عملیات بود. به دلیل این اهمیت و حساسیت، شهید باقری به عنوان فرمانده قرارگاه نصر (قرارگاه مشترك ارتش و سپاه) در این جناح انتخاب گردید. ضمن اینكه در قرارگاه مركزی كربلا نیز در كنار فرماندهی كل عملیات (سردار محسن رضایی) به عنوان مشاور عملیات و مسئول اطلاعات، فعالیت بسیار مؤثری داشت.

در مرحله اول عملیات فتح‌المبین، قرارگاه نصر با موفقیت كامل به اهداف خود رسید و در مرحله دوم عملیات، با اصرار و تاكید شهید باقری تصرف ارتفاعات رادار (ابوصلبی‌خات) از محور قرارگاه نصر انجام پذیرفت كه پس از موفقیت و استقرار نیروهای خودی، دلیل اصرار شهید باقری كشف گردید.

2 – بیت‌المقدس

بلافاصله پس از عملیات فتح‌المبین آماده‌سازی عملیات بیت‌المقدس آغاز گردید.

شهید باقری ضمن تلاش برای هماهنگی واحدهای اطلاعاتی در طرح‌ریزی عملیات نیز حضور داشت و می‌گفت: لزومی ندارد ما مستقیماً وارد شهر خرمشهر شویم، بلكه باید دشمن را دور بزنیم و عقبه او را ببندیم تا شهر خود به خود سقوط كند.

با اینكه نظرات دیگری هم برای چگونگی آزادی خرمشهر وجود داشت، اهمیت و تاكید او پس از فتح خرمشهر آشكار شد.

در این عملیات شهید باقری به عنوان فرماندهی قرارگاه نصر، در اجرای عملیات نقش مؤثری را ایفا كرد.

از هدفهای عمده این قرارگاه، خرمشهر و تامین مرز شلمچه و شرق بصره بود.

پس از دو مرحله عملیات موفقیت‌آمیز، در مرحله سوم عملیات، قرارگاه نصر با محاصره دشمن در ناحیه شلمچه، مزدوران بعثی را مستاصل و مضمحل كرد و شهر خرمشهر نیز آزاد گردید.

3 – رمضان

پس از عملیات بسیار موفق بیت‌المقدس، طرح‌ریزی و آماده‌سازی عملیات رمضان آغاز گردید.

در این عملیات شهید باقری همچنان در مسئولیت قرارگاه نصر حضور داشت. در مرحله اول عملیات رمضان این قرارگاه نقش عمل كننده نداشت و به عنوان قرارگاه احتیاط پیش‌بینی شده بود، ولی با روحیاتی كه شهید باقری داشت ضمن حضور در قرارگاه فتح و همكاری جدی و فعال با فرماندهی آن، در مراحل بعدی عملیات رمضان به علت پاتك های بسیار شدید و سنگین دشمن بعثی، قرارگاه نصر نقش بسیار مؤثری در دفع آنها و حفظ مواضع خودی داشت تا جایی كه شهید باقری جهت كنترل دقیق تر و تقویت روحیه رزمندگان، مقر تاكتیكی قرارگاه نصر را پشت خاكریزهای خط مقدم مستقر كرد و تا تثبیت شرایط، در همان جا حضور داشت.



فرماندهی قرارگاه كربلا و جانشین فرماندهی كل در قرارگاههای جنوب

پس از عملیات رمضان، شهید باقری از طرف فرماندهی كل سپاه به سمت فرماندهی قرارگاه كربلا و جانشین فرماندهی كل در قرارگاههای جنوب منصوب گردید.

در شرایطی كه طرح‌ریزی عملیات از منطقه جنوب به جبهه غرب منتقل شده بود، همزمان با اجرای عملیات مسلم ا‌بن عقیل(ع)، شهید باقری در قرارگاه كربلا با شناسایی و پی‌گیری مستمر، عملیات محرم را طرح‌ریزی كرد و با كسب موافقت، نسبت به اجرای آن وارد عمل شد.

با توجه به كسب تجربیات و نتایج حاصله از موفقیتهای رزمی و نظامی، ساختار سازمان رزمی سپاه شكل گرفت و بر اثر لیاقت و شایستگی قابل توجه و در خور تحسین شهید باقری، ایشان به عنوان جانشین فرماندهی یگان زمینی سپاه منصوب گردید.