شیخ محمد در سال 1969 میلادی در سن 49 سالگی در قاهره به علت بیماری تصلب سیاهرگ درگذشت. عبدالناصر چون از شدت بیماری وی آگاه شد، دستور داد که او را برای معالجه به لندن بفرستند ولی اجل شیخ را مهلت نداد و مرگ او را در بر گرفت.
گویند که ایشان صبح جمعه، 20 ژوئن 1969 در حالت سجدة از دنیا رفتند. زمانی که خبر وفاتش را به پدرشان رساندند، ایشان گفت: نحن نعیش كل یوم هذه الحقیقة فكیف لا نرضى وإنا لله وإنا إلیه راجعون. (هر روز با این حقیقت زندگی می‌کنیم پس چگونه به آن راضی نباشیم و إنا لله و إنا إلیه راجعون)
پیکر ایشان را با قطاری به المنشاة زادگاهش بردند و در آن جا در خاک آرمید. (روحش شاد و روانش آمرزیده باد.)

پسرش می‌گوید شیخ محمد از نزدیکی مرگش آگاه بود؛ تقریباً یک ماه قبل از حیات شیخ محمد باقی بود که همراه پدر در محله محل زندگی قدم می‌زدند. شیخ محمد عادت داشت که کفشش را برای جلا دادن به واکسی‌ای که در آن خیابان مشغول بودند، بسپارند. واکسی هم به این کار عادت داشت و تا ایشان را می‌دید و تا ایشان را می‌دید به سویش می‌شتافت تا علاوه بر واکس زدن کفش شیخ، انعام خوبی نیز از وی دریافت کند. اما این بار شیخ به واکسی گفت: این بار با عودی (پسر شیخ) حساب کن ... واکسی با تعجب گرفت: چرا مولای من؟ شیخ محمد بدو گفت: دیگر پولی به تو نخواهم پرداخت. و این آخرین باری بود که برای جلا دادن کفش به آن جا مراجعه کرد و. تو گویی از فرا رسیدن مرگش آگاه بود.