در سال ۱۵۱۷ میلادی (احتمالأ در ماه اکتبر)، طبق رسوم دانشگاهی آن‌دوره، به‌منظور ایجاد بحث، اعلامیه‌ای مبنی بر ۹۵ تز در زمینه کاربرد دریافت مالیات از طرف کلیسا و نقش پاپ، صادر کرد. این اعلامیه که در افکارعمومی با اقبال و طرف‌داری از لوتر همراه بود، آغاز جنبش اصلاحات (رفورماسیون) محسوب می‌شود. کلیسای رم، لوتر را کافر اعلام کرد و خواهان تحویل وی به رم و مجازات نامبرده شد. فریدریش سوم، حاکم زاکسن باسیاست بی‌طرفانه‌ای موفق شد که محاکمه و بازجوئی لوتر را از رم به آگسبورگ منتقل و توسط نماینده پاپ، اسقف توماس کایتان بازجویی شود. لوتر از پس‌گرفتن نظرات خود سر باززد و بازجویی بدون نتیجه ماند. حکمران نیز از تحویل لوتر به‌کلیسای رم خودداری نمود. در مباحثه عقدیدتی که در لایپزیک بین لوتر و استاد الهیات و مفسر انجیل ژ. اک انجام گرفت، لوتر درمقابل سؤالات انحرافی مطروحه، معصومیت پاپ را زیر سئوال برد. پاسخ شورای کلیسایی به گردن‌کشی لوتر، مصوبهٔ پاپ و حکم تبعید وی بود که نامبرده به‌جای رعایت مهلت شصت‌روزه، نامه‌ای به‌عنوان نجیب‌زادگان مسیحی ملت آلمان ارسال و مصوبهٔ پاپ را در برابر دروازه شهر ویتنبرگ همراه با رسالات احکام شرعی به آتش کشید. با این عمل، جدائی لوتر از کلیسای رومی مسجل گردید. هم‌زمان با تاجگذاری کارل پنجم در شهر آخن به تاریخ ۲۳ اکتبر ۱۵۲۰ میلادی، به لوتر اجازه داده‌شد که به منظور رعایت سلسله مراتب سلطنتی و دریافت مصونیت سیاسی، در مجلس حکومتی شهر ورمز برای پاسخ‌گوئی به‌جرایم مطروحه، حاضر شود. در دوجلسه متوالی، مارتین لوتر از مواضع خود به‌ویژه در ارتباط با رسالات رفورماسیونی، نامهٔ سرگشاده به «نجیب زادگان مسیحی ملت آلمان» و تشبیه مسؤلان کلیسای رم به زندان‌بانان ِبابیلون و نظریهٔ «آزادی یک انسان مسیحی»، دفاع نمود و هرگونه عقب‌نشینی از جایگاه عقیدتی خود را منتفی اعلام کرد. فرمان دادگاه علیه لوتر و طرف‌دارانش در سرتاسر منطقهٔ حکومتی آلمان رسمیت یافت و از آن‌پس زندگی لوتر در خطر دایمی قرار گرفت. فریدریش سوم برای خنثی کردن توطئه‌های احتمالی علیه لوتر، مخفیانه در راه بازگشت از وُرمز، دستور ربودن وی را صادر کرد. لوتر، به مدت ده ماه در وارتبورگ با نام مستعار زندگی می‌کرد. در این فرصت، مارتین لوتر ترجمهٔ کتاب مقدس انجیل عهد جدید را آغاز نمود و این کار بزرگ را در مدت کوتاه یازده‌ماه به ثمر رساند (از ماه مه ۱۵۲۱ میلادی تا مارس ۱۵۲۲ میلادی). در سال ۱۵۲۵ میلادی هم‌زمان با انقلاب دهقانی در آلمان و جنبش اومانیسم مسیحیان و نظرات آزادی‌خواهی درعمل ِ اراسموس فن روتردام، همچنین جنبش تجددخواهی اسپریتوالیسم که همگی از پشتیبانان لوتر بودند، مورد انتقاد وی قرار گرفتند و بدین ترتیب خط تمایزی بین خود و دیگران ترسیم نمود.

لوتر، فرزند هانس، کارگر معدن و همسرش مارگارت لینده‌مان، است. مارتین دوران تحصیلات مقدماتی را در شهرهای مانزفلد، ماگدبورگ و آیزناخ به پایان رسانید و از سال ۱۵۰۱ به تحصیل در دانشگاه ارفورت در رشته هنر پرداخت و پس از کسب مدرک لیسانس به خواسته پدرش در رشته حقوق ثبت‌نام کرد که پس از دوماه ترک تحصیل نمود. ظاهرأ وقوع یک رعد و برق باعث تغیر مسیر زندگی مارتین شد. وحشتی غیر قابل توصیف وجودش را فراگرفت، به درگاه خدا پناه آورد و به آنای مقدس قسم خورد که می‌خواهد تارک دنیا شود. دوهفته بعد درتاریخ ۱۷ ژوئیه ۱۵۰۵ میلادی وارد خانقاه آگوستین در ارفورت شد. پس از کسب رتبه کشیشی و آغاز تحصیلات خود در رشته الهیات در سال ۱۵۱۱ میلادی به رم فرستاده شد. پس از بازگشت از رم، به شورای کلیسائی ویتنبرگ منتقل گردید.

لوتر در سال ۱۵۱۲ میلادی به‌دریافت درجهٔ دکترا در رشته الهیات و کرسی استادی نایل شد. پیوند تنگاتنگ اعتقاد درونی و شخصی مارتین لوتر با تخصص تفسیر از کتاب مقدس، نطفهٔ آگاهی را در ضمیرش بارور ساخت و به‌این باور دست‌یافت که هیچ انسانی باتکیه بر توانائی خود و روش‌های کلیسایی، قادر به‌ایستادگی بر درگاه باریتعالی و دریافت شفا و رحمت نیست. لوتر به این شناخت می‌رسد که انسان‌ها براساس اعمال خود و توجیه آن به درگاه خدا ناتوانند تا بخشش ِ وی را به دست آورند بلکه این لطف ِ الهی است که شامل حال بندگان خواهد شد و آن‌ها باید باتواضع، رحمت خدا را قبول نمایند. در سال‌های ۱۵۱۳ میلادی - ۱۵۱۸ میلادی، لوتر در طول تدریس ِ بخش‌هایی از کتاب مقدس (مزامیر - رومیان - غلاطیان - رساله به عبرانیان) هرچه بیشتر به اختلاف‌نظر خود با کلیسای سنتی پی‌برد ولی هیچ‌گاه به‌جدائی از کلیسانیندیشید.