خود وی ماجرای فارغ التحصیلی از دانشکده خلبانی آمریکا را چنین تعریف کرده است: «دوره خلبانی ما در آمریکا تمام شده بود، اما به خاطر گزارشاتی که در پرونده خدمتم درج شده بود، تکلیفم روشن نبود و به من گواهینامه نمی دادند، تا این که روزی به دفتر مسئول دانشکده، که یک ژنرال آمریکایی بود، احضار شدم. به اتاقش رفتم و احترام گذاشتم. او از من خواست که بنشینم. پرونده من در جلو او، روی میز بود، ژنرال آخرین فردی بود که می بایستی نسبت به قبول و یا رد شدنم اظهار نظر می کرد. او پرسش هایی کرد که من پاسخش را دادم . از سوال های ژنرال بر می آمد که نظر خوشی نسبت به من ندارد. نگهان در اتاق به صدا در آمد و شخصی اجازه خواست تا داخل شود. او ضمن احترام، از ژنرال خواست تا برای کار مهمی به خارج از اتاق برود با رفتن ژنرال، من لحظاتی را در اتاق تنها ماندم. به ساعتم نگاه کردم، وقت نماز ظهر بود. با خود گفتم، کاش در اینجا نبودم و می توانستم نماز را اول وقت بخوانم. انتظارم برای آمدن ژنرال طولانی شد. گفتم که هیچ کار مهمی بالاتر از نماز نیست، همین جا نماز را می خوانم. ان شاءالله تا نمازم تمام شود، او نخواهد آمد. به گوشه ای از اتاق رفتم و روزنامه ای را که همراه داشتم به زمین انداختم و مشغول نماز شدم. در حال خواندن نماز بودم که متوجه شدم ژنرال وارد اتاق شده است. با خود گفتم چه کنم؟ نماز را ادامه بدهم یا بشکنم؟ بالاخره گفتم، نمازم را ادامه می دهم، هر چه خدا بخواهد همان خواهد شد. سرانجام نماز را تمام کردم و در حالی که بر روی صندلی می نشستم از ژنرال معذرت خواهی کردم. ژنرال گفت: چه می کردی؟ گفتم: عبادت می کردم. گفت: بیشتر توضیح بده. گفتم: در دین ما دستور بر این است که در ساعت های معین از شبانه روز باید با خداوند به نیایش بپردازیم و در این ساعات زمان آن فرا رسیده بود، من هم از نبودن شما در اتاق استفاده کردم و این واجب دینی را انجام دادم. ژنرال با توضیحات من سری تکان داد و گفت: همه این مطالبی که در پرونده تو آمده مثل این که راجع به همین کارهاست . این طور نیست؟ پاسخ دادم: آری همین طور است.. از نوع نگاهش پیدا بود که از صداقت و پای بندی من به سنت و فرهنگ رنگ نباختنم در برابر تجدد جامعه آمریکا خوشش آمده است. با چهره ای بشاش خود نویس را از جیبش بیرون آورد و پرونده ام را امضا کرد. سرانجام وی به ایران بازگشتند. در آن زمان هواپیمای پیشرفته اف 14 مدتی بود که وارد ایران شده و تصمیم بر این شده بود که خلبانان این هواپیما از بین بهترین های اف 4 و اف 5 انتخاب شوند.

 

بابایی هم که جزو بهترین خلبانان اف 5 بود، در تاریخ 10 آبان سال 1355 برای پرواز با این جنگنده انتخاب شد و همان زمان به پایگاه هشتم شکاری اصفهان منتقل گردید. در این مدت بابایی چنان مهارتی در هدایت اف 14 پیدا می کند که به عنوان یکی از بهترین خلبان های اف 14 انتخاب می شود.

با اوجگیری مبارزات مردم علیه نظام ستمشاهی، بابایی به عنوان یکی از پرسنل فداکار ارتش و علاقه مندان حضرت امام خمینی (ره) وارد میدان مبارزه علیه رژیم پهلوی شد. وی پس از پیروزی انقلاب اسلامی با دارا بودن تعهد، ایمان، تخصص و مدیریت اسلامی چنان درخشید که به فرماندهی پایگاه هشتم هوایی منصوب شد. شهید بابایی، در تاریخ دفاع مقدس با بیش از 3 هزار ساعت پرواز با انواع هواپیماهای جنگنده، اخلاص و ایثار خود را بیش از پیش به نمایش گذاشت.

انقلاب اسلامی و در پس آن دفاع مقدس در شکل گیری انقلاب و روشن کردن افکار پرسنل نیروی هوایی، شهید بابایی نقش بسزایی را ایفا می کرد. با پیروزی انقلاب، این شهید بزرگوار همراه با شهید اردستانی اقدام به تشکیل هسته تشکل خلبان های حزب اللهی در پایگاه های تبریز و اصفهان می کنند. 

31 شهریور سال 1359 کشور بعثی عراق هجوم همه جانبه خود را به خاک ایران آغاز می کند. بابایی همچون دیگر تیزپروازان نیروی هوایی، حضوری گسترده و چشمگیر در جبهه های جنگ و شرکت در عملیات برون مرزی دارد.
یک سال پس از آغاز جنگ، بابایی به دلیل کارآمدی، فعالیت های شبانه روزی و رشادت هایی که از خود نشان داد، در تاریخ هفتم مرداد سال 1360 با ارتقاء به درجه سرهنگ دومی، به عنوان فرمانده پایگاه هوایی اصفهان مــــنـــــــصوب می شود.