وجه تسمیه این شهر را عموماً بغدخت به معنای دختر بغ یا دختر خدا ذكر می كنند و آن را به ستار ناهید ( زهره ) نسبت می دهند.

در شرح آثار باستانی گناباد در كتاب تاریخ و جغرافیای گناباد * در مورد قلعه دختر آمده است كه آن به نام ناهید ، فرشته موكل بر آب و موالید كه از مقربان خداند بوده ساخته شده است و چون این فرشته را دختری زیبا تصور می كردند از این رو به قلعه دختر موسوم شده است و نیز چون بسیار مقرب خداوند بوده است آن را بغ دخت نام نهادند كه بعدها بیدخت نام گرفت.

برخی دیگر نیز معتقدند كه بیدخت نام دختر یكی از سلاطین قدیم ایران بوده است كه آن قریه را بنا نهاده و به نام خود نموده است و در نزدیكی آن در بالای كوه نیز عمارتی ساخته كه آن را قلعه دختر گویند.

از دیگر روایاتی كه به عنوان وجه تسمیه این شهر عنوان شده این است كه در دو كیلومتری شهر كنونی بیدخت ، شهر دیگری به نام دخت وجود داشته است كه اكنون محو شده و تنها آثاری از قبیل خانه ، انواع سفال و سكه از زیر خاك یافت شده است اما مشخص نیست كه چه زمانی در اثر زلزله به زیر خاك رفته است. بیدخت كنونی نیز در شمال آن شهر ساخته شده و به همین دلیل آن را پی دخت نامیده اند.

قدمت شهر بیدخت فوق العاده زیاد است كه با توجه به شواهد تاریخی و آثار و بقایای باستانی به قبل از اسلام بر میگردد . این شهر قبل از زلزله سال 1347 كه نوسازی و شهرسازی جدید در آن انجام گرفته در سال 1284 به دستور آقای صالح علیشاه مرجع و قطب صوفیان نعمت اللهی بازسازی شده كه در آن خیابان های عریض و تجهیزات شهری مناسب بنا شده است كه از آن جمله برج ، مسجد ایواندار با شبستان ، حمام قدیمی و ... بر جای مانده است.

دو رشته قنات در داخل این شهر جاری می باشد كه از نظر قدمت و گستردگی طول رشته قنات و عمق میله چاه ها جزء آثار باستانی محسوب می شوند.

قدیمی ترین بناهای آن خانه های گلی به صورت یك طبقه است كه از خشت خام و با دیوار های گلی بنا نهاده شده است . این خانه ها بر رو ی تپه ها و دامنه های آبرفتی ساخته شده كه بر سر مزار مشرف می باشد و سطح آنها از 100 تا 250 متر مربع تجاوز نمی كند. كوچه هایی تنگ و باریك در بین آنها دیده می شود و روی هر خانه قدیمی بدون استثنا یك بادگیر تعبیه شده كه از آنها در طول تابستان برای استفاده از بادها و سرد كردن منازل بهره می گرفته اند . علاوه بر این خانه ها دو منظوره (تابستانه و زمستانه) ساخته شده كه دارای صوفه ، ایوان ، دهلیز و .. بوده كه از  هر یك بسته به نوع آن در شرایط مختلف استفاده می شده است .

از قدیمی ترین آثار باستانی آن برج نگهبانی است كه بوسیله آن دیده بان ها مردم را از حمله قبایل و راهزن ها باخبر می كرده اند. نیز مسجد جامع كه در بافت قدیمی این شهر واقع شده است و دارای صوفه های متعدد و ایوان بزرگ و در داخل دارای چندین ستون و شبستان می باشد. یخدان های گلی از دیگر آثار باستانی بوده كه معروف ترین آنها یخدان كوثر بیدخت می باشد . در داخل بافت قدیمی بیدخت آب انبار با با ظرفیت بالا در داخل زمین احداث شده كه آب در زمستان و هنگام یخبندان در آن ذخیره می شده است .

آثار تاریخی و ابنیه باستانی و تاریخی متعددی در اطراف این شهر و روستاهای تابعه به چشم می خورد كه از آن جمله قلعه دختر كه بر كوهی در شمال شرق بیدخت در روستای شوراب قرار گرفته است و آثار مبنایی آن مشتمل بر حمام و طاق است كه با گچ و ساروج ساخته شده است. نیز خرابه های قلعه پشنگ كه آثار شهری بر تپه های قلعه نزدیك روستای نوده پشنگ و قلعه اروك روی تپه‌ای در نزدیكی روستای اروك واقع شده است .و همچنین مقبره جغتای در روستای گیسور كه در شمال شرق بیدخت می باشد .

ازجمله آثار طبیعی حومه بیدخت می توان غار طبیعی (آهكی) روستای بیمرغ را نام برد كه داخل آن استالاگمیت و استالاكتیت های متعددی وجود دارد و نیز مزار جعفر آباد كه در سه كیلومتری بیدخت واقع است . همچنین امامزاده یحیی بن موسی كاظم (ع) كه در روسای بیمرغ مدفون می باشند كه یكی از مراكز زیارتی و مذهبی شهرستان به شمار می‌آید. مزار سلطانی بیدخت نیز یكی دیگر از این آثار است كه هرساله تعداد بسیار زیادی از مسافران و جهان گردان را به خود جذب می كند.

شهر بیدخت در 9 كیلومتری شمال شرقی شهر گناباد (مركز شهرستان) واقع شده كه موقعیت آن در طول جغرافیایی 58.41  و در عرض جغرافیایی 34.21 می باشد.

وسعت شهر بیدخت و قرات تابعه آن كه به دهستان پسكلوت مشهور می باشد 29000 كیلومتر مربع است كه قریب به یك سوم مساحت كل شهرستان است و از لحاظ تقسیمات داخلی بزرگترین وسعت را به خود اختصاص داده است .

معیت شهر بیدخت بر اساس اطلاعات مركز بهداشت 6200 نفر می باشد.

شهر بیدخت از لحاظ  فرهنگ و قدمت فرهنگی یك شهر كهن و تاریخی است كه درصد جمعیت با سواد آن خصوصاً در سطح تحصیلات عالی ، خود گویای این مدعا است.

شهر بیدخت بر روی تپه های رس كه منشأ آن از رسوبات آبرفتی است بنا شده كه طی سالیان متوالی از ارتفاعات جنوبی شهرستان بر اثر فرسایش آب سرازیر شده و مواد ریز دانه‌ای در این منطقه رسوب و ته نشین شده است. 

از نظر زمین شناسی و باستان شناسی این سرزمین متعلق به دوران دوم زمین شناسی ژوراسیك و كرتاسه می باشد. شهر بیدخت از نظر ارتفاع در گودترین منطقه شهرستان واقع شده است كه ارتفاع آن از سطح دریا بالع بر 1180 متر است .

-    تاریخ و جغرافیای گناباد اثر سلطانحسین تابنده

-    بیدخت را بشناسیم اثر محمدعلی امینی بیدختی

-    www.baydokht.ir